Nos dias atuais, quem passa em frente ao casarão do Seminário de São Pedro, na Avenida Campos Sales, 850, no bairro do Tirol, em Natal/RN, poderá imaginar que neste edifício sempre funcionou a casa de formação dos seminaristas à serviço da Diocese. Contudo, a história não é bem assim. A construção e inauguração do prédio atual foi obra do quarto bispo e primeiro arcebispo de Natal, D. Marcolino Dantas, na década de 1930.
Em 1902, quando pertencíamos a Diocese da Paraíba/PB, o bispo D. Adauto, passando por Natal, sentiu a necessidade de investir na formação católica da juventude da época e concretizou dois projetos. Em fevereiro, do mesmo ano, veio a Natal para inaugurar o Colégio da Imaculada Conceição – CIC, onde atualmente funciona a UNIFACEX, e confiou o estabelecimento às irmãs Dorotéias. Elas ficariam responsáveis pela formação das moças.
No ano seguinte, em 1903, instalou o Colégio Santo Antônio, para a educação dos rapazes, um anexo da igreja de Santo Antônio dos Militares, a atual “Igreja do Galo”, e nomeou como primeiro diretor o Pe. Alfredo Pegado.
Com a criação da Diocese de Natal, em 1909, o Papa Pio X escolheu um norte-rio-grandense, D. Joaquim Antônio de Almeida, como o seu primeiro bispo. Este só chegou à Natal, em maio de 1910. Após a sua posse, uma das primeiras preocupações foi instalar o seminário diocesano, que passou a funcionar onde já existia o Colégio Santo Antônio.
Em 1912, com a chegada dos Padres Missionários da Sagrada Família à Natal, D. Joaquim pediu-lhes que assumissem, completamente, o Colégio Diocesano que funcionava em regime de internato onde estavam os seminaristas juntamente com os alunos externos da cidade. Os padres exerceram a função de professores de todas as disciplinas.
Este seminário, sobretudo, por causas econômicas, não continuou e fechou suas portas em 1915. No mesmo ano, por motivo de saúde, veio a renúncia do bispo D. Joaquim e a Diocese ficou vacante, aguardando a chegada de um novo pastor para que este desse um novo rumo à formação dos seminaristas.